Biopython机器学习基础教程文档

收录于 2023-04-20 00:10:05 · بالعربية · English · Español · हिंदीName · 日本語 · Русский язык · 中文繁體

生物信息学是应用机器学习算法的绝佳领域。在这里,我们拥有大量生物的遗传信息,因此无法手动分析所有这些信息。如果使用适当的机器学习算法,我们可以从这些数据中提取很多有用的信息。Biopython提供了一组有用的算法来进行有监督的机器学习。
监督学习基于输入变量(X)和输出变量(Y)。它使用一种算法来学习从输入到输出的映射功能。它定义如下-
# Filename : example.py
# Copyright : 2020 By Lidihuo
# Author by : www.lidihuo.com
# Date : 2020-08-25
Y = f(X)

1. 逻辑回归模型

Logistic回归是一种受监督的机器学习算法。它用于使用预测变量的加权和找出K类之间的差异。它可以计算事件发生的可能性,并可用于癌症检测。
Biopython提供了Bio.LogisticRegression模块以基于Logistic回归算法预测变量。目前,Biopython仅对两个类别(K = 2)实现逻辑回归算法。

2. k最近邻居

k最近邻居也是一种受监督的机器学习算法。它通过根据最近的邻居对数据进行分类来工作。Biopython提供了Bio.KNN模块来基于k最近邻算法预测变量。

3. 朴素贝叶斯

朴素贝叶斯分类器是基于贝叶斯定理的分类算法的集合。它不是一个单一的算法,而是所有算法都具有相同原理的一族算法,即被分类的每一对特征彼此独立。Biopython提供了Bio.NaiveBayes模块来与Naive Bayes算法一起使用。

4. 马尔可夫模型

马尔可夫模型是定义为随机变量集合的数学系统,该随机变量根据某些概率规则经历从一种状态到另一种状态的转变。Biopython提供了Bio.MarkovModel和Bio.HMM.MarkovModel模块来与Markov模型一起使用。